Един от големите музеи в Ла Валета е Дворецът на Великия магистър. Сградата е построена в края на 16 в. като резиденция на Великия магистър на Ордена на Св. Йоан и е един от най-добрите образци на бароковата архитектура. След края на управлението на малтийските рицари преминава в ръцете на британския губернатор, а днес освен музей е и седалище на президента и парламента. Дворецът е украсен с гоблени, фрески и бродерии, служещи за възпоменание на голямата обсада. Дворецът съхранява многобройни произведения на изкуството, включително уникална колекция от гоблени и фрески, пресъздаващи Голямата обсада през 1565 г. Голям интерес сред посетителите предизвикват Оръжейната зала с впечатляващи рицарски доспехи и Апартаментите на Великия магистър, украсени с фризове, които пресъздават историята на Ордена на Св. Йоан.