Една от най-привлекателните природни дадености на града е заливът "Ла Конча" или "Мидата", с характерната си подкововидна форма и красивия си плаж. В центъра му се намира островчето Санта Клара. От единия му край се издига хълмът Игелдо, а от другия - хълмът Ургул, всеки от които е украсен със скулптури от Едуардо Чилида (1924-2002), световноизвестен артист, роден и починал в Доностия, музей с негови творби се намира в Ернани, селище на 9 км от Доностия. През Сан Себастиан минава и река Урумея, която разделя Стария град на две, преди да се влее в Кантабрийско море.